第一次南巡是康熙在1681年最终***三藩之乱后数年间进行的全面巡视的一部分。在1684年南巡开始前，就发布了各种诏书试图防止严重的滥用职权行为的增长。定下扈从的组成：陪同皇帝的是亲王和皇族、侍从、护卫、军官、维护军械的人员、管理御马的人员和銮舆卫、八旗北京驻军；跟随他们的是衙门扈从官，从内阁学士、翰林院学士、各部尚书、各司郎中、监督、医生、起居注官员中挑选的约九十人，轮流陪伴这些人的是必要的秘书和办事员。总数约是一千人，很可能曹寅即是其中之一。
皇帝所到之处有大量官员和百姓迎接毫不奇怪。1675年会典规定无论何时皇帝出游，方圆百里内的所有官员必须前来接驾；不这样做的，初犯者罚去一年俸禄，再犯者将被贬降两级调走。1684年鸿胪寺的官员强化了这些规定，他们骑马行进在队伍前列，指挥百里内所有官员召集当地乡绅和士民在皇帝到达和离去时跪拜致意。军官们及其军队也是如此。
1684年11月5日皇帝和扈从离开北京从陆路行往南方，1685年1月3日，在六十天的旅行后回到皇宫。
毋庸置疑，这次巡视中康熙评估了中心省份对清政权的态度，因而他谨慎考虑了行进路线。比如他绕过扬州，那是1645年满洲军队大肆屠杀汉族居民的地方，没有到苏州以南战斗更残酷的杭州附近。江宁与前明政权有密切的联系，一度是明朝首都，后来成为明遗民反抗的中心，皇帝小心关注着当地民众的感受。12月7日，他起先派一个内阁大臣祭拜明太祖陵，但后来决定亲自祭酒。江宁知府于成龙由于政绩出色，被挑选出来受到特别褒奖；这种褒奖增进了城市的声誉，但于成龙是旗人，这也有助于满洲制度的声誉。皇帝特别提到他的汉语学习，并告诉学者高士奇，虽然他八岁登基，但他一直坚持阅读经典，当时每晚阅读《史记》到午夜后。在江宁城外的句容县，他停下队列询问当地县官庄稼的收成，并敦促他爱民如子。这些询问创造出一个杰出的君主形象。但除了所有这些为赢得声誉所做的努力外，皇帝仍然谨慎而实际，与鞑靼将军留在江宁封闭的满洲城内。只是在后来的巡视中他才冒险进城，驻进织造衙门。
第一次南巡某种意义上是侦察探险，虽然皇帝注意到河道事务，但直到1689年第二次南巡他才认真解决这一问题。第二次南巡前一份诏书宣布，由于有皇帝应亲自视察河务的请求，他才这么做的。他反复强调不应由于南巡向百姓额外征税，所有供给必须提前以流通市价购买，地方官员不得给扈从成员送礼。
1689年1月28日，在长子胤禔和于成龙（1684年他得到赏识，此时是直隶巡抚）陪同下，皇帝离开北京，从陆路往南到宿迁县。这里是黄河和大运河会合的枢要地区。在此他开始热心地视察河务。其后是很长的有关河务的讨论，然后皇帝乘船视察了清河县。继续顺大运河而下，过了扬子江，两天后到达苏州，2月28日抵达大运河终点的杭州。
3月16到21日在江宁，3月23日和24日在扬州，然后他迅速地沿大运河北上，仅仅停留了两天视察更多河务，4月7日他到达天津。因为这天是他的生日，名义上的皇太子（胤礽）和其他皇子、所有高官都从首都来迎接并护送他回宫。第二次南巡花了七十天。
1699年的第三次南巡则很枝蔓，皇帝不仅带了皇太后佟佳氏，还有多达七个儿子：第一、第三、第五、第七、第八、第十三、第十四。他们3月4日离开北京，但前进得太慢，因此皇帝离开队伍到前方视察河务，3月31日与家人会合，并陪伴皇太后佟佳氏渡过黄河。然后他又离开随行人员，在继续悠闲的行程以前，他乘一只小船详细检查了一些堤防（这次旅行后他下达了关于河道应保持水位的最详细指示）。他们在苏州待了六天，杭州一个星期，江宁一个星期，然后和他们来时一样缓慢地回去，6月14日抵达北京，这次南巡花了一百零二天。
这次南巡皇帝对他的满族身份安心得多，不再提及经典和摆出审美姿态。皇帝在巡视中的主导形象是骑手。4月26日到杭州，皇子和侍卫中最优秀的射手跟随他进行了一些射击，他让他们练习骑射。在第一箭射中靶子以后，他继续做更有难度的表演：他松开缰绳骑马对准靶子，但正当他准备射箭时马受惊急速冲向左方；皇帝迅速改变紧握着的弓的方向，在马疾驰而过时箭击中了靶子。这个场合皇帝显然给众人留下了深刻的印象，而且通过把眼前的事故转变为胜利，他还赢得了额外的名声。1699年南巡也证明皇帝确曾偶尔离开随从，几乎是单独一人与百姓交谈。4月30日和5月1日皇帝在苏州，5月5日在望亭。
1702年皇帝开始第四次南巡，11月14日他带着皇太子胤礽、胤禛（未来的雍正帝）和胤祥（十三子）离开北京。但当他们到达大运河边的德州时，皇太子病得非常厉害。皇帝留在城中等他恢复，用书法和骑射打发时间，并处理出现的行政问题。皇太子病了两个多星期，等他复原时，皇帝决定放弃南巡返回北京。显然皇帝喜爱慈父的角色，如在给正耐心等待他驾临的李煦的谕旨中所写，不意皇太子偶感风寒，病势甚危，幸而朕留心多方调理，以致痊愈。
中断的第四次南巡在第二年完成，3月3日，皇帝和同样的三个皇子离开北京。这次快速的巡视只花了五十八天，他们从陆路到桃源县，从水路到扬州，苏州，杭州，江宁，往北到天津。可能由于未来的雍正帝在场，这次南巡在实录中只受到草率的对待。出于未知的原因，他可能涂去了所有涉及在过去巡视中他与官员和其他人接触的内容。
1705年和1707年的最后两次南巡都很悠闲，分别花了一百零八天和一百一十七天。他接见地方官员，视察堤防，评论地方局势，与隐退的学者交谈，赦免税收，宽恕罪行，练习骑射，举行额外测试，犒劳扈从和地方驻军。但鉴于皇帝已如此迅速地在读者心里印下仁慈的形象，我们有必要转到一个插曲上来显示皇帝的另一面。
1707年3月23日，皇帝视察河道，总督张鹏翮为了降低连接黄河和运河的河流水位，建议开凿运河的地点。皇帝很不满意，视察后他命令所有扈从成员，随行文武官员，当地各级官员，张鹏翮以及他的治河官员跪在临时行宫前面。随后他质问张鹏翮依据什么提议开河。张鹏翮没有直接回答，而是说：我皇上爱民如子，不惜百万币金拯救群生，黎民皆颂圣恩。听到这话，皇帝严厉批评张鹏翮，提醒他写空幻的文章和管理实际问题大不一样，结束时他说：河工系尔专责，此事不留心，何事方留心乎？张鹏翮无言以对，拜伏在地。
两天后皇帝重理政务。他命令所有官员列队跪在河岸上，听他从船中训话。他又一次训斥张鹏翮的无能，并让他尽可能地为自己辩护。张鹏翮摘去官帽请求处罚。皇帝仍不宽恕他，而是大大嘲弄张鹏翮迂腐的言谈，然后做出他自己的决定。结束时他命张鹏翮：着张鹏翮率领在河能员，确看，定议具奏。从《大清圣祖仁皇帝实录》中我们得知曹寅当时在场。这个事件必定有效地提醒人们，皇帝总是期待精确的信息。
这些南巡显然是康熙个人统治体系的一部分，与他利用包衣和奏折一样，它们保证他既控制又能绕过正规的官僚机构。但巡视既费时又累人。1707年最后一次巡视后，他的回程走得非常慢，频繁地停下来休息。当时他五十三岁，明显不能忍受南方的炎热，因此很可能曹寅从1708年起递送重要密折是由于皇帝意识到他不再能亲自南巡了。所以从可信任的渠道获取信息就变得更必要了。
