明末天启年间的首辅大臣朱国祯辞官后打算编一部《明书》，不料书未成而身先逝。朱家败落，已没有能力继续朱国祯的未完稿。当地富户庄廷鑨虽然双目失明，但一直有编着史书的梦想，知道朱家的情况后不惜千金买来遗稿，又延聘名士，补入崇祯和南明史事。书未付梓，庄廷鑨也溘然而逝。其父庄允城便出资，历时五年，将此书刊刻印行于世。
浙江归安知县吴之荣因贪赃枉法被罢了官，一直苦于找不到起复的机会，忽然听说庄廷鑨的这部史书中有不少悖逆之言，他立刻把这个当成一个立功发财的好机会，就到庄家去敲诈。殊不知庄家早已碰到过敲诈之人，庄允城花了大笔银子，在各衙门打点了一番，使事情平息下来。吴之荣自然碰了一鼻子灰。
但吴之荣并没有死心，他又到湖州大富豪朱佑明家敲诈。朱佑明大字不识，不知史书为何物，更加不买账，吴之荣不但敲诈不成，反受了一番羞辱。但他哪肯甘心，又将事情捅到省城杭州。庄允城闻讯，一边找关系向方方面面请托，一边又将书稿中的悖逆之词改换后重新刊印，又一次将事情压下来。
吴之荣岂肯善罢甘休，见升官发财之梦未圆，又千方百计买了一部初刻本《明书》，直接上京城告发。事情越闹越大，最后惊动清廷辅政大臣鳌拜等人。当时康熙年幼，尚未亲政，鳌拜责令刑部官员到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人员。
最终，一场惨祸酿成：庄家被查抄，庄廷鑨被毁棺戮尸，庄允城死于狱中，庄允城的另外两个儿子被凌迟处死，四岁的孙子也被斩首。南明弘光朝礼部侍郎因为替此书作序，与四个儿子同被斩首。
《明书》序中称旧史朱氏者，明明指的是朱国祯，吴之荣却因敲诈勒索朱佑明未遂，怀恨于心，硬说是朱佑明，并说他的名字就有护佑明朝之意。尽管朱佑明申辩说自己不识字，名字是前朝万历年间先父给取的，结果还是与五个儿子一起被杀。
此书的誊抄者、校阅者，甚至买书的、卖书的、刻字的、印刷的都遭了殃。一些并未参与其事的江楚名士，因庄廷鑨仰慕他们的名声而擅自将他们的姓名刊列于参校者中，也被处以死刑。
浒墅关榷货（专卖货物）主事李尚白听说苏州阊门书铺卖有这部《明书》，就派了一名差役去购买。不巧书铺主人不在，差役就坐在其邻居朱某家等待。书铺主人回来后，朱某帮他们商定了书价。结果，此事被人举报，李尚白与差役、书铺主人都因买卖逆书而被斩首，朱某因年逾七十，算是法外开恩免死，与老妻一同被发配边疆充军。
一批地方官吏也被牵连进去，官大的因为行贿于承审官员，将责任推到幕僚、下属身上，让他们当了替死鬼，自己得以从轻发落。官小一点的则以隐匿罪被处死。这桩案子共有千余人被牵连，72人死于非命，史称庄廷鑨明史案，是清初着名文字狱之一。
